西藏地方政府和上层反动集团，误把中央政府的宽容态度和等待方针看作是软弱可欺，妄图制造“西藏独立”，发动了武装叛乱。面对叛乱分子的大举进攻，中央采取了一系列措施进行讨伐。
1面对叛乱分子的疯狂进攻，中央下令人民解放军驻藏部队坚决平息叛乱。
1959年3月10日，反革命分子公开撕毁“十七条协议”，发动武装叛乱。达赖及其集团3月17日离开拉萨，逃往国外。3月19日夜，向人民解放军驻拉萨部队发动了全面进攻。面对叛乱分子的疯狂进攻，中央不得不下令人民解放军驻藏部队坚决平息叛乱。平叛斗争是一场严重的阶级斗争，是一场关系到西藏前途的阶级斗争。斗争的性质决定了西藏各族人民同解放军并肩斗争来平息这场叛乱，决定了武装叛乱必然要失败。3月20日上午10时，中国人民解放军西藏军区(1952年10月10日成立)队伍奉命对罪大恶极的叛乱集团进行讨伐。当天西藏军区发出布告，宣布对叛乱分子的政策。
查西藏地方政府与上层反动集团，勾结帝国主义和国外反动分子，图谋叛乱，由来已久。长期以来，他们即纠集和纵容叛乱分子，窜扰各地，破坏交通，劫掠商旅，奸淫烧杀，残害人民。中央本着宽大为怀的态度，一再责成西藏地方政府，严惩叛乱分子，维护社会治安。但是西藏地方政府，阳奉阴违，不但不负责平息叛乱，反而纵容支持，助长叛乱分子气焰。及至今年3月10日，西藏多数噶伦和上层反动集团，更进一步与叛乱分子结成一体，劫持达赖喇嘛，撕毁关于和平解放西藏办法的十七条协议，公然背叛祖国，破坏统一；公然杀死西藏自治区筹备委员会藏族官员堪穷索朗降措，打伤西藏军区副司令员桑颜•才旺仁增等人；并且公然于3月19日夜间向驻拉萨的人民解放军发动全面进攻。罪大恶极，莫此为甚。为了维护祖国统一和民族团结，解救西藏地区人民的疾苦，本军奉命讨伐，平息叛乱。望全藏僧俗人民，积极协助本军，讨平叛逆，不窝匪，不资敌，不给叛乱分子通风报信。对于叛乱分子，本军将本宽大政策，区别对待：凡脱离叛乱武装来归者，一概不咎既往；有立功表现者，给予奖励；对俘虏一律优待，不杀，不辱，不打，不搜腰包；对执迷不悟、坚决顽抗者，严惩不贷。本军纪律严明，维护群众利益，保护农牧工商各业，买卖公平。不拿群众一针一线，尊重群众宗教信仰和风俗习惯，保护喇嘛寺庙，保护文物古迹。望全体僧俗人民，一律安居乐业，切勿听信谣言，自相惊扰，切切此布。
布告一出，受到广大藏族群众的热烈拥护，他们感谢中央政府的英明决策，用各种实际行动全力支持人民解放军平定叛乱。人民解放军在藏族爱国僧俗人民的协助和配合下，只经过两天多的战斗，便彻底粉碎了拉萨地区的叛乱。3月23日，俘获叛军4000余名，缴获各种枪支8000余支，子弹1000万余发。
在迅速平定拉萨地区的武装叛乱之后，人民解放军于4月8日由拉萨挥师南下，分东、中、西三路渡过雅鲁藏布江，对喘息未定的山南地区的匪徒展开扫荡。在得到藏族人民全力支援的解放军的追剿之下，山南地区的匪徒一触即溃，狼狈逃窜。经过10多天的战斗，我军先后攻占了雅鲁藏布江以南、江孜以东、喜马拉雅山以北的30多个宗和广大村庄，并分别粉碎了盘踞在各地的叛乱武装，毙伤、俘敌近2000人。人民解放军控制了山南地区和喜马拉雅山北部的所有边境要点，取得了平叛斗争的重大胜利。山南地区是叛匪长期盘踞的一个重要的叛乱老巢。这股叛匪在西藏上层反动集团的指使下，勾结帝国主义，不断接受外国输入的武器和空投物资，进行背叛祖国的叛乱活动。因此，迅速平定山南地区的叛乱，有着特别重大的意义。
在人民解放军平叛部队的大力追剿围歼下，到11月，叛乱集团的主要力量被歼灭，武装叛乱基本平息。人民解放军进驻西藏边防。随后，解放军即转入对流窜在各地的小股叛乱武装进行搜剿。到1962年3月，平叛作战胜利结束。