尽管索布恰克很努力，但是，随着外部形势的变化，圣彼得堡的局势不停地恶化。他和市民之间的疏远感在潜滋暗长。这时的索布恰克表现得极为高调。他自从担任列宁格勒市苏维埃主席的职务以后，参加了几乎所有全俄性的政治活动。在担任圣彼得堡市市长期间，索布恰克像一位全俄政治家一样经常出国访问。他几乎从不拒绝任何一份来自国外的邀请，他到过所有西方大国、波罗的海国家、斯堪的纳维亚国家以及独联体的许多国家。在国外，经常有消息称，索布恰克可能成为俄罗斯未来的总理，甚至是总统。这对叶利钦刺激很大，他对索布恰克的态度也变得越来越冷淡。索布恰克认为自己不仅是俄罗斯民主运动的重要参与者，而且还是领导人之一。他同时是苏共和俄共的反对派，然后在苏共二十八大上又和叶利钦一样示威性地退出会议。但是，索布恰克不是叶利钦圈子里的人。他公开对叶利钦的一些行为和讲话表示不赞成。索布恰克曾对一些人说过：“我无法成为叶利钦班子里的人。”此时，索布恰克的影响力仅次于叶利钦。媒体这样形容他：高高的个头，身材匀称，举止优雅，和任何一位欧洲政治家站在一起也绝对不会逊色；他是一个能够成功运用肢体语言的出色演讲家；他坚毅果敢，身居高位，却有着丰富的实践经验，而且自制力很强。
索布恰克在市民中的支持率持续走低，1994年底，他的受欢迎程度下降到了20%。同时由于在1996年的圣彼得堡第二任市长选举中密集使用“肮脏的”技巧以及轻敌，索布恰克再也无法重现1989年的辉煌了，他以巨大的政治失败告终。
作为著名的民主主义者，索布恰克在大学任教和担任圣彼得堡市长期间，勇于吸纳和引导那些受过良好教育的年轻人。他们当中的很多人已成为叱咤当今俄罗斯政坛的风云人物。除了普京和梅德韦杰夫外，俄罗斯副总理兼财长库德林、副总理纳雷什金、地区发展部部长科扎克、前国防部长谢尔久科夫、前经济发展与贸易部部长格列夫、联邦最高仲裁法院院长安东•伊万诺夫、俄罗斯天然气工业股份公司总裁米勒、统一电力公司总裁丘拜斯等人都来自“索布恰克团队”。这些人多数于上世纪90年代初在圣彼得堡市政府任职，是时任市长索布恰克的老部下，有的则是索布恰克任教时的学生。从政坛桃李满天下的角度讲，索布恰克可以被称为现代俄罗斯的“政治教父”。虽然他去世了，但是他的政治影响力至今仍透过他的门生们得以延续。
索布恰克的遗孀曾在接受媒体采访时披露，普京的诸多重要治国理念，诸如实行权力垂直体系、总统向联邦区派驻全权代表等，最初均发端于索布恰克。这些治国方针目前已经被付诸实践，并被证明是非常有效的。