赫德把海关作为自己施展全部才能的舞台， 进行了大刀阔斧的改革。他在《海关衙门章程》中规定：“ 各关所有外国人帮助税务事宜，均由总税务司募请调派。其薪水如何增减，其调往各口以及应行撤退，均由总税务司作主。”从而，“对于全国海关，几有一国元首之权威”。
在被恭亲王亲切地称为“ 咱们的赫德” 的赞誉声中， 他使中国海关工作效率快速提高，其税收从1863年的725万两，增加到1866年780万两，1887年到20541399两，到1899年达到创纪录的26661360两。
既然是客卿， 其基本的立足点是职位对他的限定。忠于职守的赫德在与洋务领袖们的交往中，领教了中国改革派的立场，即委之以重任但不能损害中国的利益。曾国藩曾经明确地表达了对赫德的立场：“凡是对我国和贵国都有利的事，我定会支持；对贵国有利而对我国无害的事，我不会反对；但如果对我国有害的事，无论对贵国多么有利，我都会以死相抗争。”
这话不是说着玩的。1 863年赫德的上一任李泰国的被免职， 就是因为触犯了上述基本原则。事情的缘由是： 中国通过赫德向尚在英国休养的李泰国购买兵船，组建海军舰队。李泰国把这个机会当成了英国控制中国海军的机遇，擅自“代表”清政府与英国海军上校阿斯本签订所谓十三款合同， 规定“ 阿斯本允作总统（ 司令） 四年， 但除阿斯本之外，中国不得另延外国人作为总统”；“中国所有外国样式船只或内地船雇外国管理者， 或中国调用官民所置各轮船”，统归阿斯本调度管辖； 阿斯本只接受皇帝谕旨，所有谕旨文件必须由李泰国转交“ 遵办”，“若由别人转谕，则未能遵行”；舰队所用“员弁、兵丁、水手均由阿斯本选用”；舰队“应挂外国样式旗号”，等等。中国方面认为这个合同与最初商定的“总统由中国人担任，弁兵水手亦用中国人，洋人只少数教习”不符，未予同意。
正在镇压太平天国前线的曾国藩坚决反对“ 十三条” ， 提出“ 不如早为疏远，或竟将此船分赏各国，不索原价”。于是恭亲王奕等人认为，“与其贻患于将来，不若请裁于此日”。最终遣散了这个所谓的阿斯本舰队。李泰国因此而被革职。赫德实际成了最大受益者。所以， 当曾国藩向他表态的时候， 相信他是深知其中的利害关系的。1 8 6 8 年蒲安臣因代表中国擅自与美国订立条约， 恭亲王后来明确表示不拟再用洋人办理中国外交。故此， 赫德拟定了基本原则：“ 不必用花言巧语， 以中国的利益为重是必须遵守的正确原则。”