古代中国历史上曾出现过三次特大规模的瘟疫流行。除了东汉末年的这次之外，另外两次分别是公元12—13世纪的大瘟疫以及17世纪中叶的大瘟疫。这后两次大瘟疫，都曾造成了上百万人死亡。特别是在1232年的大瘟疫中，在50天的时间中，开封城竟出现了“诸门出死者九十余万人，贫不能葬者不在是数”的惊人死亡率。
与同时期的欧洲不同的是，古代中国在对抗瘟疫方面有着更为科学的举措，也涌现出一大批卓有成就的医学家和医学成果。明代时，一位名叫吴有性的医生，写成名著《瘟疫论》，指出“温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”，这便是“疠气”。在此理论基础上，他提出许多治疗瘟疫的方法，对当时防治瘟疫很有效果。
鉴于瘟疫对社会的巨大影响，古代中国从很早就开始进行了各种预防和控制尝试，具体措施包括： 顺应节气、巫术的精神控制、注意公共卫生、派遣医生巡诊及无偿施药、处理尸体、病人隔离等。