二、社会动乱
东汉末年本来就政治腐败，战事频仍，土地兼并严重，使得民不聊生。在此情形下，灭绝性的瘟疫无疑是雪上加霜，逼使百姓揭竿而起。公元183年，张角、张宝、张梁三兄弟趁民间大疫流行，“以妖术教授，立‘太平道’，咒符水以为人疗病，民众神信之。十余年间，徒众数十万”。当时机成熟后，他们便宣称“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”，发起了著名的“黄巾起义。”
尽管这次农民起义因其本身的弱点，先后都被残酷镇压。但是在农民起义的沉重打击下，腐朽的东汉王朝已基本上名存实亡。为了镇压起义，朝廷不得不给予地方守牧更多的军事权力，从而为以后东汉的衰落，军阀割据战争的出现埋下了伏笔。果然，虽然起义被镇压了，国家却从此天下大乱。因为在镇压起义的过程中，各地豪强地主纷纷乘机扩充自己的势力，涌现出像袁绍、袁术、公孙瓒、曹操、孙坚、刘备等一批地方军阀。随后，这些人又为了吞并对手，展开了激烈的拼杀，又为以后的三国纷争奠定了基础。
三、对当时局部战争的影响
值得一提的是，持续多年的大瘟疫还对三国格局的形成发生了相当影响。据有关文献资料统计，整个三国时代发生瘟疫的次数多达二十二次，这无疑会对三国时期的军事进程造成影响。这方面，最典型的一个例子当属著名的赤壁之战。众所周知，当时曹操拥有号称八十多万大军，但却由于瘟疫的影响而造成了军队战斗力的急剧下降。正如《三国志》所记载的：刘备与曹操“战于赤壁，大破之，焚其舟船。先主与吴军水陆并进，追到南郡。时又疾疫，北军多死，曹公引归”。即使早曹操兵败北撤后，也曾感慨：“自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归，家室怨旷，百姓流离”。综观整个三国时期，类似的事例并不在少数。看来，如果没有瘟疫的影响，三国时期的历史将会是另一种局面。
四、对中国医学的影响
中国古代医学可谓渊源流长，而它正是在不断与疾病抗争的过程中发展的。特别是在汉代，众多典籍中对瘟疫的记载都很详细，其中关于天花、鼠疫、百日咳、麻疹等传染病的描述都是世界上最早的。当瘟疫流行期间，一些医学家纷纷行动起来，通过不断的探索，总结出了一些有效的防治方法，这些方法都成为了医学史上宝贵的财富。其中最著名的，当推东汉末年著名医学家张仲景，他在总结治疗疫病经验的基础上，写成了千年名著《伤寒论》，这也是对两汉时期流行瘟疫的治疗方法的一部总结性著作。