除了对罗马帝国造成致命的打击外，两次大瘟疫还产生了另一个具有深远影响的历史后果，那就是基督教地位的变化，这恐怕是人类历史发展过程中最为奇特的现象之一了。
历史告诉我们，公元一世纪左右，基督教最初产生于罗马帝国统治下的巴勒斯坦地区，是犹太人民反抗罗马统治的群众运动的产物，它的产生有着深刻的历史根源。早期基督教产生以后，在地中海沿岸，特别是在小亚细亚、埃及一带流传甚广，其信徒最初主要是奴隶和被释奴隶、穷人和无权者、被罗马征服和流放的人们。
作为在一种弱势群体中诞生的宗教，基督教因为产生于广大的受压迫、受剥削的下层群众之中，因此在它的早期历史中，便带有一些反对当时现实社会的特色。尤其是对于据说于统治地位的罗马帝国，基督教最初的态度是明确的。在《新约•启示录》中，就把罗马比作“大淫妇”，还假借巴比伦城诅咒罗马，并抨击罗马君王的“滔天罪行”和“不仁不义”，预言上帝将对他们进行无情的审判。
毫无疑问，基督教最初的教义是不会得到罗马当局支持的。事实上在早期的两百多年中，基督教经历了无数次政府取缔、逼迫以及民众的暴力对待，许多圣徒为自己的信仰而献身。据罗马历史学家塔西佗记载，古罗马皇帝尼禄曾故意在罗马城纵火，然后嫁祸于基督教徒。据说，这位残暴的皇帝竟命令将不少基督徒投进竞技场中，然后邀请罗马权贵一同欣赏这些人被猛兽活活撕裂咬死的场面；他甚至吩咐人把很多基督徒与干草捆在一起，制成火把并排列在花园中，然后在入夜时点燃，照亮皇帝的园游会。另一位皇帝、死于“安东尼瘟疫”的马可•奥儒略对基督信徒的迫害也非常残暴。据史学家记载，在这位皇帝的迫害下，无数基督徒的尸首满布街头，那些尸首被肢解后焚烧，余下的骨灰则散入河中。公元303年，戴克里安皇帝又发出敕令，进行罗马帝国历史上最大的一场宗教迫害。 为了煽动民众的反基督教情绪，古罗马的一些理论家还编造了不少针对基督徒的谣言，诸如诬蔑他们在拜神时要杀死婴儿并喝其血、吃其肉，还说他们狂饮、乱伦等等，所有古罗马社会的恶行都被强加在基督信徒身上。