我们必须感谢修昔底德。正是由于他详尽的记载，才使翻开了人类瘟疫历史的第一页。遗憾的是，尽管修昔底德在对瘟疫发生的惨烈事实做了详尽的记述，却因当时条件的限制而对其发病原因没能做出正面回答。作为一名伟大的历史学家，他没有任何主观臆测，而是将这一问题留给后人考虑。
1997年，美国国家科学院院士、加州大学洛杉矶分校医学院生理学教授贾雷德•戴蒙德发表了一项研究成果，该成果指出，人类很多疾病来自动物。譬如麻疹病毒、肺结核和天花病毒等就来自牛，而流行性感冒来自猪和狗，恶性疟疾则来自禽鸟类动物。根据这一理论，许多研究者认为两千多年前的雅典瘟疫很有可能是来自动物。因为有证据表明，当时雅典人饲养了大量的牛、绵羊和猪，并且经常从爱琴海里大量捕捞各类水生物用作食品。所有这一切，都有可能使他们遭受动物身上所携带病菌的感染。而在事实上，当时生活在希腊半岛的人们的确经常遭受疾病磨难。修昔底德在《伯罗奔尼撒战争史》中也提及，希腊半岛有过普通疾病的发生和流行。
许多研究者认为两千多年前的雅典瘟疫很有可能是来自动物。还有的研究者认为，雅典的瘟疫很有可能来自海外。
还有的研究者认为，雅典的瘟疫很有可能来自海外。因为在当时，强大的希腊各城邦已与地中海周边各地展开了频繁的商业往来。修昔底德在他的著作中也推测：“据说这种瘟疫起源于埃及上方的埃塞俄比亚的一些地方，由那儿传播到埃及和利比亚，以及波斯国王的大部分领土内。”尽管至今尚未找到当时北非一带曾发生瘟疫流行的佐证，但人们对修昔底德这一推测还是认可的。
公元前525至前404年，北非的埃及正被波斯统治，这便为疾病自北非向外扩散提供了途径。公元前460年，埃及边境上的利比亚人发动了反抗波斯的暴动，并请求雅典人给予援助。当时雅典一支拥有200艘舰船的舰队正准备出征塞浦路斯，接到命令后便转而开往埃及。公元前451年，应埃及沼泽地区之王阿米尔泰乌斯的请求，雅典人又曾派出60艘舰船前往过埃及并顺利返回。同时，在希波战争结束后，建立起海上帝国的雅典与西亚沿岸、北非等地殖民点的交往更为频繁。所有这一切，都使得瘟疫向希腊本土传播成为可能。