瘟疫不但对雅典内部造成了巨大灾难，更重要的是，它还直接影响到当时正在进行中的伯罗奔尼撒战争的战局。由于关键领导人伯里克利于公元前429年病死，雅典在同盟中的统治地位开始动摇，进而削弱了它的军事实力。公元前427年前后，米蒂利尼等盟邦发生反雅典起义，陆上形势开始对雅典不利。公元前425年，雅典海军占领麦西尼亚西岸的皮洛斯及其附近的斯法克蒂里亚岛，并煽动斯巴达的奴隶暴动，使斯巴达陷入困境。尽管雅典人仍能在海上占据微弱优势，但它在陆上的力量却因瘟疫大大削弱。为对抗雅典，斯巴达将领伯拉西达率兵于前424年攻占爱琴海北岸重镇阿姆菲波利斯。公元前422年，双方在该城激战，雅典主战派首领克里昂与伯拉西达均战死。公元前421年，雅典主和派首领尼基阿斯与斯巴达缔结《尼基阿斯和约》。和约规定，双方退出各自占领地，保持50年和平。公元前415年——公元前413年以及公元前413年——公元前404年，双方又曾展开了西西里战争和德凯利亚战争。在长期的战争中，原本国力雄厚的雅典，渐渐抵抗不住斯巴达强大的陆军进攻。同时由于国内屡次发生动乱，雅典越来越无法与对手抗衡了。公元前413年，雅典在一次海战中全军覆没，从此就连海上优势也失去了。公元前405年，斯巴达从海陆两面包围雅典。公元前404年4月，雅典投降，接受屈辱的和约：解散提洛同盟，参加伯罗奔尼撒同盟；拆毁长墙工事，只保留12艘战船。
瘟疫不但对雅典内部造成了巨大灾难，更重要的是，它还直接影响到当时正在进行中的伯罗奔尼撒战争的战局。
从历史影响上看，伯罗奔尼撒战争的结果对希腊无疑是一次巨大的打击。一方面，即使获胜的斯巴达，实际上也因连年战争，国力大为削弱，而它领导下的城邦联盟此时已无法经受外来的侵略了。另一方面，无论是在政治、经济还是文化方面考虑，雅典的所代表的历史发展方向明显要优于斯巴达。遗憾的是，当雅典战败后，受斯巴达控制的希腊开始走向了另一条道路，这也直接影响到整个希腊世界的发展势头。经过这次旷日持久的战争，曾经繁荣的希腊城邦遭到了前所未有的破坏，危机四伏，整个希腊开始由盛转衰。对于整个人类而言，曾经辉煌一时的希腊世界逐渐退出了历史舞台，这本身也是一个莫大的遗憾。
再到后来，斯巴达的霸权也没有维持多久。到公元前4世纪前半期，位于希腊北部的另一个国家——马其顿开始崛起，并且很快征服了各希腊城邦。在此后的历史中，希腊先后成为亚历山大帝国、罗马帝国的一个小角色，再也没有重现辉煌。